V sezóne 2020/2021 mala odštartovať Liga majstrov kvalifikačnými zápasmi už v júni, ale kvôli pandémii COVID-19 sa začiatok odložil až na august. UEFA následne rozhodla, že plánované súboje sa odohrajú len na jeden zápas. Slovanu žreb prisúdil súpera KÍ Klaksvík z Faerských ostrovov, pričom rozhodujúci zápas sa mal odohrať práve tam. Tesne pred odletom mala celá výprava Slovana negatívne testy na COVID-19, v súlade s protokolom Return to Play UEFA. Po prílete na Faerské ostrovy však absolvovalo mužstvo ďalšie testovanie a jeden člen výpravy mal pozitívny test. Na žiadosť Slovana bol zápas odložený o dva dni a belasí dostali možnosť odohrať duel s náhradným tímom.

Aj v druhej výprave sa však po prílete objavil prípad ochorenia COVID-19. Funkcionári Slovana odmietli v plnej miere akceptovať testy a žiadali opakované kolo testovania. Výsledkom však boli opäť dva pozitívne testy a preto sa príslušné orgány Faerských ostrovov rozhodli umiestniť aj druhú skupinu Slovana do karantény. Napriek tomu, že Bratislavčania mali na Faerských ostrovoch dohromady až 34 hráčov, k súboju neprišlo a Slovan zo súťaže vypadol. Nepomohlo ani odvolanie na Športový arbitrážny súd (CAS) v Lausanne.

Pred 2. predkolom Európskej ligy pristúpilo vedenie klubu k zmene na trénerskom poste. Ján Kozák ml. bol odvolaný z pozície hlavného trénera a novým trénerom mužstva sa stal Darko Milanič, jeden z najúspešnejších slovinských trénerov. Darko Milanič zažil na lavičke Slovana Bratislava veľmi úspešnú premiéru, lebo belasí v derby zdolali Trnavu 2:0. Napriek úspešnej premiére myslel už nový tréner na pohárový duel Európskej ligy vo Fínsku. Proti domácemu Kuopio túžili belasí podať čo najlepší výkon a postúpiť ďalej, avšak nakoniec vypadli po penaltovom rozstrele.

Cenný bod získal Slovan v 11. kole v Dunajskej Strede (remíza 1:1), kde nastúpila väčšina hráčov len krátko potom, ako sa dostali z horúčky a covidu. Futbal ale prináša aj pozitívnejšie ľudské momenty. Aleksandar Čavrič sa v zápase s Trenčínom (výhra 2:0) mohol dostať do čistej šance cez krívajúceho súpera, no nevyužil jeho indispozíciu a zakopol loptu do autu. V závere roka 2020 ešte Slovan zvíťazil v Trnave 3:0 a s päťbodovým náskokom viedol ligovú súťaž pred Dunajskou Stredou.

Dňa 26. januára 2020 zasiahla belasú rodinu veľmi smutná správa. Vo veku nedožitých 85 rokov zomrela legenda Slovana Bratislava, slovenského, česko-slovenského i svetového futbalu Jozef Vengloš. Mal belasé srdce a Slovan bol preňho viac ako len obyčajným klubom. Nech už pôsobil kdekoľvek, vždy sa vracal do Bratislavy a na Tehelné pole. Hovorieval, že preňho bolo nádherné za Slovan hrať a potom bolo nádherné Slovan aj trénovať. Viedol celú plejádu futbalistov, ktorí sa zapísali zlatými písmenami do dejín Slovana Bratislava a výrazným spôsobom sa do nich navždy zapísal aj on sám. Bohužiaľ, nebola to jediná strata. V marci opustila rodinu belasých aj ďalšia legenda. Vo veku 87 rokov zomrel Anton Urban, dlhoročný kapitán Slovana, neskôr tréner i funkcionár. Na OH 1964 v Japonsku bol kapitánom tímu, ktorý z olympiády priviezol striebro. Anton Urban bol príkladom celoživotnej vernosti k Slovanu a k belasým farbám.

Slovan v 22. ligovom kole zvíťazil nad Dunajskou Stredou 3:1 a pred nadstavbovou časťou získal 10-bodový náskok, práve pred mužstvom zo Žitného ostrova. Ten sa však pomaly znižoval. Belasí napríklad prehrali v Trnave 0:3 a tri kolá pred koncom ligy mali už len 7-bodový náskok na DAC, ktorý bol nasledujúcim súperom Slovana. Belasí nezvládli i tento zápas, tentoraz 0:1, a  na čele mu zostal iba 4-bodový náskok. Vedenie klubu z tohto dôvodu odvolalo Darka Milaniča z pozície hlavného trénera a trénerskú taktovku prevzal Vladimír Weiss starší, ktorý viedol Slovan aj v sezóne 2011/2012, keď ho priviedol do skupinovej fázy Európskej ligy.

Tento krok priniesol pozitívnu zmenu a futbalisti Slovana v zápase 9. kola nadstavbovej časti  vyhrali na pôde Zlatých Moraviec 4:0. To znamenalo, že sa kolo pred koncom opäť stali majstrami Slovenska. Tretíkrát za sebou. „Je to obrovský úspech, majstrovský hetrik. Tento titul bol najťažší,“ povedal generálny riaditeľ Slovana Ivan Kmotrík mladší. Nový tréner Vladimír Weiss starší k tomu dodal: „Gratulujem chlapcom a klubu. Toto víťazstvo patrí aj Darkovi Milaničovi, ktorý odpracoval celú sezónu.“ V záverečnom zápase nadstavby zvíťazil Slovan nad Trenčínom 2:1 a zapísal tak víťaznú bodku za sezónou. 

Slovenský pohár – Slovnaft Cup bol pre zlú epidemiologickú situáciu prerušený pred 4. kolom (október 2020). Keďže k 10. marcu boli amatérske súťaže a tréningový proces v nich pozastavené, SFZ rozhodol, že Slovnaft Cup bude pokračovať bez 14 klubov z regionálnych futbalových zväzov. V hre o víťazstvo zostalo 10 tímov z Fortuna ligy a 9 z druhej najvyššej súťaže. Po 11 rokoch sa konalo opäť bratislavské derby a  belasí sa stretli vo štvrťfinále s Petržalkou. Poradili si s ňou jednoznačne 5:1, avšak tribúny Tehelného poľa, žiaľ, zostali prázdne. V semifinále Slovan dvakrát vyhral nad Duklou Banská Bystrica (3:0 a 3:1) a tak 19. mája 2021 nastúpili vo finále Slovenského pohára proti Žiline.

V ňom boli belasí znovu úspešní, MŠK Žilina zdolali 2:1 po predĺžení, a Slovan prvýkrát v histórii klubu obhájili double. Svojich hráčov na námestí štadióna podporovali tiež fanúšikovia a  po zápase nasledovala netradičná, no o to krajšia a spontánnejšia ,,ďakovačka“. ,,Fanúšikov som počul už v prvom polčase. Po zápase sme za nimi boli. Som veľmi rád, že boli pred štadiónom a aj touto formou nám pomohli k víťazstvu,“ uzavrel Vladimír Weiss ml.

David Strelec získal Cenu Petra Dubovského pre najlepšieho mladého hráča do 21 rokov. O túto cenu sa uchádzali dvaja hráči - okrem Davida ešte Róbert Boženík. Ocenenie si prevzal na galavečere Futbalista roka. "Snom každého mladého hráča je vyhrať Cenu Petra Dubovského. Veľmi si to vážim," povedal David Strelec